Jurusan MSP FPIK memiliki 5 Program Studi, terdiri dari 3 program sarjana, 1 program magister dan 1 program doktor
- Program Studi S1 Manajamen Sumberdaya Perairan
- Program Studi S1 Teknologi Hasil Perikanan
- Program Studi S1 Budidaya Perairan
- Program Magister Budidaya Perairan
- Program Doktor Ilmu Perikanan dan Kelautan